中国科学院分子细胞科学卓越创新中心（生物化学与细胞生物学研究所）研究员丁建平研究组最新研究成果以structure and allosteric regulation of human nad-dependent isocitrate dehydrogenase为题，在线发表在cell discovery上，该研究揭示了人源nad依赖型异柠檬酸脱氢酶(nad-idh, idh3) (α2βγ)2八聚体的组装和变构调控的分子机制。
异柠檬酸脱氢（idh）负责催化异柠檬酸（ict）氧化脱羧生成α-酮戊二酸（α-kg），是三羧酸循环中重要限速酶。在人和其他高等真核生物细胞中，存在依赖于nadp和nad二种辅酶的idh（nadp-idh和nad-idh）。人源nadp-idh有二种，分别定位于细胞质和线粒体中（idh1和idh2），它们在细胞氧化损伤和脂类合成中发挥重要作用。近期研究表明，idh1和idh2在活性反应中心关键氨基酸的突变导致原有酶活的丧失，但产生了一种新的催化功能，与多种肿瘤的发生发展直接相关。人源nad-idh（idh3）定位于线粒体，在三羧酸循环中发挥功能。
丁建平研究组前期对nadp-idh做了大量研究工作，相继解析了人源idh1（j. biol. chem. 2004）、idh1 r132h突变体（cell res. 2010）和酵母线粒体nadp-idh （protein sci. 2008）的结构，揭示了这些酶发挥催化反应的分子机制，并致力于人源nad-idh（idh3）的结构、功能和调控机制的研究。研究表明，人源idh3由α, β和γ三个亚基组成，它们组成αβ和αγ两个异源二聚体，再组装成α2βγ异源四聚体，并进一步组装成八聚体；αγ二聚体和α2βγ四聚体具有类似的酶学性质，都能够受到一系列代谢小分子的异构调控，但αβ二聚体不能被调控；在α2βγ四聚体中，α亚基发挥催化功能，γ亚基发挥调节功能，而β亚基只发挥结构功能（sci. rep. 2017a）。进一步研究表明，αγ二聚体能够被cit、adp和低浓度atp激活、nadh和高浓度atp抑制，而αβ二聚体不能被代谢小分子激活，但能被nadh抑制的分子机制。然而，αβ和αγ两个二聚体是如何组装成α2βγ四聚体、并进一步组装成八聚体并发挥协同功能的分子机制尚不清楚。
丁建平研究组解析了人源idh3八聚体(α2βγ)2在未结合底物和配体（apo）、处于非激活状态下的晶体结构。结构和功能分析表明，αγ和αβ通过clasp结构域相互作用形成α2βγ四聚体，两个四聚体再进一步通过γ亚基的n端插入到β亚基的back cleft组装成稳定的八聚体(α2βγ)2。通过这种组装方式，4个催化α亚基处于idh3八聚体的外侧，有利于底物ict和辅酶nad的结合和催化反应。γ亚基通过αγ-αβ相互作用界面的clasp结构域将变构调控信号传递至两个催化亚基。γ亚基的n端与β亚基的相互作用不仅在八聚体的组装中起决定作用，还在四聚体-四聚体相互协同功能中发挥重要作用。该研究不仅阐明了人源idh3全酶的组装机制和别构调控机制，而且为研究其他高等真核生物nad-idh的组装和调控机制提供了基础。
丁建平组孙鹏凯为论文第一作者，丁建平为论文通讯作者。研究工作得到国家蛋白质科学研究设施（上海）规模化蛋白质制备系统和上海同步辐射光源17u1线站工作人员的支持，并得到国家自然科学基金委员会、国家科技部和中科院的支持。
人源idh3八聚体(α2βγ)2全酶的组装机制和别构调控机制
研究团队单位：分子细胞科学卓越创新中心
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