氮是维持生命活动最重要的营养元素之一。氮气是氮元素的丰富来源，但由于性质惰性，不能为生物直接利用。氮的生物地球化学循环是将氮转化成生物可利用形式的关键过程。固氮微生物，包括固氮细菌和固氮古菌，可将惰性的氮气转化成生物可利用的氨态氮或硝态氮。据估计，生物可利用氮的半数由生物固氮过程提供。然而，微生物种类和功能丰富多样，超过99%的环境菌目前无法实现纯培养，因而对环境中固氮菌功能和活性的认识仍非常不足。
环境微生物的不可纯培养性，带来了方法学上的挑战。从单细胞水平上研究环境微生物可克服纯培养或富集培养的限制，实现在环境介质下的原位研究。拉曼光谱(包括sers、常规和共振拉曼)可在单细胞水平上对微生物进行无损检测，并提供微生物组成的指纹图谱。拉曼光谱与稳定同位素标记结合(stable isotope probing, sip)，利用微生物同化sip标记底物引起蛋白、脂类、色素的特征拉曼谱峰偏移，已实现从单细胞水平上检测环境功能菌。
中国科学院城市环境研究所城市土壤与生物地球化学研究组(朱永官团队)，在发展单细胞拉曼-15n2sip技术用于固氮功能菌的研究上做了开拓性工作。针对土壤中的固氮菌，首次建立单细胞共振拉曼与15n2标记联用技术，发掘出15n2相关的指示固氮菌的特征偏移谱峰，即细胞色素c共振拉曼峰的偏移。利用此指示峰，实现在单细胞水平上检测复杂土壤环境中的固氮菌，并利用指示峰的偏移程度，在单细胞水平上，比较了土壤固氮菌的固氮活性。
此外，研究组与牛津大学教授wei huang合作，针对包括固氮菌在内的多种氮循环(n2、nh4、no3)功能菌，率先发展表面增强拉曼光谱(sers)-15n sip联用技术，利用sers对微生物中含氮生物分子腺嘌呤的选择性增强，获得不同15n标记氮源引起的细菌腺嘌呤谱峰的显著线性偏移，并利用sers-15n sip研究厦门杏林湾水体中细菌对15n2、15nh4cl、15no3不同氮源的选择性代谢。上述工作促进了对大量未知环境菌群的深入认识，尤其是氮循环功能菌及其活性的深入解析。
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