科学家发现核糖体rna“超级工厂”运行新机制。
3月9日,中国科学院分子细胞科学卓越创新中心陈玲玲研究组在《自然》发表论文,对核仁内蛋白质进行定位筛选,通过超高分辨成像对200种蛋白质在这个超级工厂内的运行机制进行了详细阐述。
核仁超级工厂运行示意。受访者供图
核仁是细胞核里有着重要功能的特殊结构,在显微镜下呈现直径约0.5~5微米的球状结构。核仁负责核糖体rna的生成加工和核糖体的组装,在球状结构内部产生长链状新生核糖体rna,在蛋白质的帮助下,这些新生核糖体rna在向外运输过程中,被不断加工剪切,一步步完成核糖体组装。核糖体再把rna翻译转变为蛋白质。
过去的研究认为,核仁由三部分组成:纤维中心(fc)是核心,由致密纤维组分(dfc)包裹形成更大的球体,多个fc/dfc单元镶嵌在同一颗粒组分(gc)里。
通俗地讲,核仁就像‘超级工厂’一样,每个fc/dfc单元就是一个‘小车间’,每个‘小车间’又通过流水线高效联系,将新生的核糖体rna运入gc区域,也就是最后的统一‘包装站’,完成核糖体组装。陈玲玲介绍说。
核仁如此重要,但核仁内大多数蛋白质的精确定位和功能尚不清楚。这个超级工厂是如何协同起来发挥作用,由内向外加工新生核糖体rna和组装核糖体的呢?
研究人员在核仁的三层结构基础上,又发现了一层包裹在dfc外的新球壳状区域,并将其命名为致密纤维成分外侧区域(pdfc)。也就是说每个fc/dfc小车间内新生的核糖体rna还需要通过pdfc这个监测站才能完成最后的核糖体组装。
进一步研究发现定位于pdfc监测站的urb1蛋白质是调控新生核糖体rna 尾端折叠和加工的关键。urb1蛋白质具有分子量大,流动慢的特征。它像一个体型庞大的哨兵,看守在pdfc区域,结合在fc/dfc小车间运输来的新生核糖体rna尾端,与其他因子一起工作。
该过程对核糖体rna的成熟和核糖体的组装至关重要:末端剪切完成的核糖体rna就会被urb1哨兵放行,进入gc区域参与下一步核糖体组装;一旦urb1哨兵消失,核糖体rna就会带着未剪切的尾端涌入gc区域,造成混乱,使得细胞无法正常运作,同时也会引来外切酶体复合物的镇压。
在动物实验中,研究人员观察到,缺失了urb1蛋白质的斑马鱼会产生头面部发育的畸形,甚至无法存活。而urb1蛋白质缺失的小鼠胚胎则无法着床,引发早期死亡。
此项研究工作多角度剖析了核仁这个超级工厂内部的精细结构,发现了pdfc这一全新结构,通过解析其中urb1的功能,揭示了核仁多层结构与核糖体rna加工、核糖体组装的相互协同作用,为研究核仁作为核糖体rna加工厂的高效运转与质控机制提供了全新的见解,也为核仁组装和在胚胎发育中的潜在影响提供了新的研究思路。(来源:中国科学报 张双虎 黄辛)
相关论文信息: https://doi.org/10.1038/s41586-023-05767-5
作者:陈玲玲等 来源:《自然》
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