北京基因组所开发上线基因序列数据库genbase。中国科学院北京基因组研究所(国家生物信息中心)国家基因组科学数据中心(ngdc)最新开发的基因序列数据库genbase正式上线,为科研用户提供基因序列数据汇交共享和查询下载服务。
基因的序列和注释信息(包括dna、rna和蛋白序列信息)是支撑基因功能研究的核心基础数据之一。伴随生物学的迅猛发展,在过去几十年中,我国生命科学领域科学家产出了海量的基因序列数据。为保障我国基因序列数据的主权和安全,满足我国科研人员在基因序列数据汇交、管理和共享过程中的现实需求,对标美国国家生物信息中心ncbi的genbank数据库,ngdc建立了基因序列数据库genbase。
genbase的核心功能是存储、管理、共享所有物种基因序列、注释信息及其编码蛋白质序列,可为基因序列数据的汇交、存储、发布和共享提供一系列web服务。基于genbase的提交系统,用户可根据详细的操作提示,按步骤提交包括提交者信息、参考文献、核苷酸序列、数据来源、数据特征等在内的重要的实体和元数据信息。genbase严格把控数据质量,保障基因序列数据的准确性、完整性和可用性。genbase系统的建设遵循国际核酸序列共享联盟(international nucleotide sequence database collaboration,insdc)的相关标准,立足中国,服务全球,可接收来自全球科研人员的数据提交,并通过数据交换机制实现与genbank的无缝共享。同时,为保障全球基因序列数据的本地化管理,genbase整合了insdc发布的基因序列数据,提高国内科研人员查询和获取数据的效率。目前,genbase可支持用户查询或下载genbank已公开的4.2亿多条核酸及其编码蛋白质序列。
中国科学院北京基因组所(国家生物信息中心)针对我国基因组数据“存管用”的实际需求,除genbase外,已建立65个服务于生物医学研究的公共数据库资源,涵盖原始数据、基因组和变异、基因表达、非编码rna、表观基因组、单细胞组学、生物多样性和生物合成、健康和疾病、文献和教育以及工具等10个大类,初步形成了我国生命组学数据安全汇交、管理、共享和应用的数据资源体系框架,服务于生物和医学领域的基础和转化研究。
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研究团队单位:北京基因组研究所
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