列线图是一种直观有效地展示cox回归结果的一种方法。最有价值的是进行结局的预测，同时可以通过直线的长度来表示不同变量对结局的影响，以及变量的不同取值对结局的影响。正如下图中所示。
举例来说，一个男性胰腺癌患者，年龄是40岁，术中进行放疗，肿瘤位置再胰脏头部，胰胆管浸润为ch0,有腹膜转移，tnm分期在iv期。 根据上述条件，判断每个变量的得分，年龄40岁，points得分是10分，男性points得分是4分，依次累计各个变量的得分,得到total points，然后就有对应3月、6月和1年的生存概率。复杂的模型公式变成了直观的图片，不仅仅医生可以看懂，病人家属也可以进行估测了。同时，可以看到术中有术中放疗和无术中放料其得分相差特别大，35分蹦到了80分。
# 请先安装好各个相关包再运行代码
# install.packages("vim")
library(foreign) # 读取格式数据
library(survival)
library(rms)
library(vim) # 包中aggr()函数，判断数据缺失情况
if (!require("vim")) {
install.packages("vim", repos="https://cran.rstudio.com/")
library("vim")
}
par(family = "stxihei") # 指定绘制图片中的字体
# 数据来自张文彤《高级教程》
url <- 'http://online.hyconresearch.com:4096/20/20advdata.zip'
# 书中数据下载地址
file <- basename(url)
# 获取文件名 20advdata.zip
if (!file.exists(file)) download.file(url, file)
# 判断工作目录下是否有20advdata.zip文件，如果不存在则执行下载数据命令
unzip(file) # 解压缩zip文件
pancer <- read.('part4/pancer.sav') # 读取文件
pancer <- as.data.frame(pancer)
# cox回归所需数据类型为数据框格式，将其转换为数据框格式
aggr(pancer,prop=t,numbers=t)
# 判断pancer各个变量的数据缺失情况，出现红色即有缺失，绘制列线图不允许缺失值存在
pancer$censor <- ifelse(pancer$censor=='死亡',1,0)
# cox回归结局变量需为数值变量
pancer$gender <- as.factor(ifelse(pancer$sex=='男',"male","female"))
# 更改变量名称以及变量取值
pancer$gendr <- relevel(pancer$gender,ref='female') # 设置参考组
dd<-datadist(pancer)
options(datadist='dd')
coxm <- cph(surv(time,censor==1)~age gender trt bui ch p stage,x=t,y=t,data=pancer,surv=t)
# 建立cox回归方程
surv <- survival(coxm) # 建立生存函数
surv1 <- function(x)surv(1*3,lp=x)
surv2 <- function(x)surv(1*6,lp=x)
surv3 <- function(x)surv(1*12,lp=x)
plot(nomogram(coxm,fun=list(surv1,surv2,surv3),lp= f,funlabel=c('3-month survival','6-month survival','12-month survival'),maxscale=100,fun.at=c('0.9','0.85','0.80','0.70','0.6','0.5','0.4','0.3','0.2','0.1')),xfrac=.45)
maxscale 参数指定最高分数，一般设置为100或者10分
fun.at 设置生存率的刻度
xfrac 设置数值轴与最左边标签的距离，可以调节下数值观察下图片变化情况
列线图绘制常见问题
1. 如何筛选变量?
答： 与多变量变量筛选方法一样。列线图绘制纳入的变量即为coxm方程中的变量。
2. 如何更改图中变量名以及的变量值的名称，比如“sex”的"男"和"女"。
答： 列线图中出现的名称，即变量名和变量值名称，修改变量名和变量值名即可修改列线图中的名称。
3. 如何更改多分类变量的参考组
答：参考 pancer$gendr <- relevel(pancer$gender,ref='female')
